Pada tahun 1962 Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Prof. Dr. Ir. Thojib Hadiwidjaja menyarankan kepada Rektor Universitas Diponegoro pada waktu itu, Mr. Soedarto, untuk mendirikan Fakultas Peternakan. Saran tersebut timbul setelah melihat kenyataan bahwa Jawa Tengah memiliki potensi peternakan yang cukup besar dan oleh karenanya perlu dikembangkan.
Saran baik tersebut ditanggapi oleh Mr. Soedarto selaku Rektor Universitas Diponegoro yang kemudian melakukan pendekatan kepada berbagai pihak. Setelah beberapa waktu lamanya, dibentuklah Panitia Persiapan Pendirian Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro dengan Surat Keputusan Menteri PTIP Nomor 37 Tahun 1963.
Berkat kesungguhan Panitia serta dukungan berbagai instansi pemerintah maupun swasta, dengan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 75/1964 tertanggal 17 Juli 1964, berdirilah Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro sejak tanggal 1 September 1964.
pada tahun 1968 Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro dikembangkan dengan membuka Jurusan Perikanan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Diponegoro Nomor: 44/1968 tertanggal 8 Oktober 1968. Dengan demikian, Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro memiliki 2 jurusan, yaitu Jurusan Peternakan dan Jurusan Perikanan. Sejak tanggal 17 Agustus 1974, nama Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro diubah secara resmi menjadi Fakultas Peternakan dan Perikanan dengan 3 Jurusan (masing-masing mengelola satu program studi S1) yaitu: (1) Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak, (2) Jurusan Produksi Ternak dan (3) Jurusan Perikanan (Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0551/0/1983 tanggal 8 Desember 1983).
Kemudian mulai tahun 1994 dengan berdirinya Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan; maka Fakultas Peternakan hanya memiliki 2 Jurusan, yakni: (1) Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak dan (2) Jurusan Produksi Ternak.
Pada tahun 2009 dan seterusnya, Fakultas Peternakan membuka Program Studi Baru, yaitu Program Studi S-1 Peternakan; sebagai konsekuensi dari SK Dirjen Dikti No. 163/DIKTI/Kep/2007 tanggal 29 Nopember 2007 yang mengharuskan 4 Program Studi S-1 sebelumnya (Program Studi S-1 Nutrisi an Makanan Ternak, Program Studi S-1 Produksi Ternak, Program Studi S-1 Sosial Ekonomi Peternakan dan Program Studi S-1 Teknologi Hasil Ternak) yang ada di Fakultas Peternakan dilebur menjadi 1 Program Studi, yaitu Program Studi S-1 Peternakan.
Penutupan program studi ini telah menyebabkan inefisiensi sumber daya manusia, utamanya dosen. Untuk meningkatkan efisiensi tersebut maka dilakukan pengembangan program studi non peternakan pada Fakultas Peternakan dengan konsekuensi perubahan nama fakultas. Perubahan nama Fakultas Peternakan menjadi Fakultas Peternakan dan Pertanian telah disetujui Senat Universitas dengan terbitnya SK Rektor Universitas Diponegoro Nomor: 724/SK/UN7/2011 tertanggal 8 Desember 2011.
Selanjutnya SK Rektor Universitas Diponegoro Nomor: 312/SK/UN7/2012 tertanggal 30 Mei 2012 Menetapan Penggabungan Jurusan Produksi Ternak dan Jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak Menjadi Jurusan Peternakan, serta Pembentukan Jurusan Pertanian Pada Fakultas Perternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro.
